微生物肥料是指含有活微生物的特定制品将它应用到农业生产中能够获得特定的肥料供应.微生物肥料可以概括为三大类：一类是通过微生物的生命活动，增加植物营养元素的供应量，导致植物营养状况的改善，从而提高农产品的产量和质量。微生物的生命在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病乃至治虫的作用。这一类有代表性的产品根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸盐（钾菌）。它们大都能活化土壤，用量多在2公斤左右。另一类是微生物的代谢物质，在工业培养中收集的络合物，如氨基酸、黄植酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态的商品，达到刺激作物生长或抵御病虫害的作用。每亩地用量100克左右。再一类是借助微生物分解有机质的功能，例如用酵素菌，加速农家肥或桔秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的作用。
微生物肥料可用于拦种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拦种最为简便经济、有效。斯半种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同时拌用作底肥。
微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施用要求。一是避免开袋后长期不用。开袋后，其他细菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。在高温干旱条件下使用微生物肥料，客观存在的生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。三是避免与未腐熟的农家肥混用。这类肥料与未腐熟的有机堆肥沤或混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。同时也要注意避免与过酸碱的肥料混合使用。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。
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