影片以寻找母亲生前存在的痕迹作为导线，将整个故事串联起来。十六年后，一起女性被害案和流浪汉死亡事件发生，看无关系的两个案件，实际却有着千丝万缕的联系，在案件调查过程发现和母亲相关的线索，因而牵连出两个家庭的悲伤往事，深度剖析了人性和爱。
近年来，越来越多和表达人性的悬疑推理作品被搬上荧幕，例如《网络谜踪》、《心理罪》、《海市蜃楼》等，尽管每部影片的立意各有不同，却始终脱离不开一个“爱”字。
那么，对于《祈祷落幕时》这部影片来说，爱，是指什么？是祈祷着幸福来临，还是等待着曲终落幕？
这是改编自东野圭吾同名小说的悬疑推理电影，故事讲述刑警加贺恭一郎在一起女性被害案件调查过程中发现和母亲相关的线索，因而牵连出两个家庭的悲伤往事，并且找到当年母亲离家出走的真相。
影片将加贺恭一郎的母亲百合子离家后的生活轨迹作为开头，并以寻找母亲生前存在的痕迹作为导线。十六年后，一起女性被害案和流浪汉死亡事件的发生，将女主浅居博美引出，看似毫无关系的两个案件，实际上却有着千丝万缕的联系。
女性死者押谷道子遭受杀害是在一间公寓，登记名称为越川睦夫。刑警松宫修平在案发现场，发现了一本写着十二座桥名的日历，加贺恭一郎发现这和当年收拾母亲遗物时，看到她的对象绵部先生遗留的那本顺序一样。
经过笔迹对比，确认出自同一人之手，越川睦夫就是他寻找十六年的绵部先生，借此，加贺恭一郎正式参与进这个案件，把十二座桥作为关键线索进行调查。
同时，被火焚烧的面目全非的流浪汉，经过多方调查，在DNA的检验下，确认为越川睦夫，他就是杀害押谷道子凶手！
在大量的洗桥活动的照片中，加贺恭一郎看到了五年前因为工作有过接触的浅居博美，而这个人正是押谷道子的同学，生前最后一个见到她的人。加贺恭一·郎一步步抽丝剥茧，最终确定浅居博美和绵部先生的父女关系，真名为浅居忠雄。
电影花了将近三分之一的戏份，来讲述浅居博美父女的悲伤往事，由于母亲卷款离家，被高利贷找上门，父女二人不得不离开生活了十多年的家，开始流浪，直至在一家小店用餐时，遇到了横山一俊。
横山一俊拿钱引诱浅居博美到他的车里，结果却意外被对方失手杀死，浅居忠雄顶替了他。因为身份的调换，浅居博美成为一名演员，使得父女两人的见面变得非常困难，因此才想出洗桥日在桥上隔着人群相望、通过电话交流的办法。
浅居忠雄杀害押谷道子后，为了保护女儿决定，浅居博美在不舍和希望他能解脱中，亲手杀死自己的父亲。浅居博美被捕时，她将父亲写的信交给加贺恭一郎，解开了他二十六年以来的困惑。
百合子由于家庭压力，患有抑郁症，甚至无法控制自己的行为，在某一次被儿子看到拿着菜刀，深深担心害怕会伤害到儿子，而选择了离开。不过即使如此，也没有放弃对孩子的关注，但她也表示，我没有参与他的成长，不配做他妈妈。
故事几近尾声，母亲百合子的一番话，很好地将影片的思想传达出来。为人母，应当为家、为孩子负起责任。两个因命运串联起来的家庭，两位离家出走的母亲，却造就了不同的结果。
浅居忠雄结束生命，冒充他人的人生终于落幕，荒唐二十六年总算得到了解脱；浅居博美等待导演的戏剧落幕，坦然接受逮捕坐牢，和自己的前半生做了断；而加贺恭一郎完美解决了两个案件，并从中解开困扰他多年的谜团，回到警视厅搜查一课，日本桥的生活宣告落幕。
万事，总有落幕时，呼应了电影名字，就像原著封面所说的，“渴望幸福的祈祷一重又一重，终有落幕之时。”
跌宕起伏的情节，环环相扣的线索，一点一点攀升至故事的高潮，最终达到矛盾的至高点，令观众油然而生出感慨，达到共情的效果，渲染悲伤情绪，值得深思。